O estudioso que dirige essa instituição detinha o título de Sheikh al Azhar e é autoridade legal muçulmana que lidera o Egito, desde o século 18 até os dias atuais.
A dinastia fatímida que governou o Egito de 969 até 1171 fundou a mesquita e a escola no ano de 970 para ser um centro de aprendizagem para o ramo ismaelita do xiismo. Mas, com a conquista do Cairo pela dinastia sunita aiúbida sob a liderança de Saladino no século 12, a universidade tornou-se um centro de pensamento e aprendizagem sunita. No entanto, ao chegar a proeminência como o centro de aprendizagem do Islam sunita no mundo de língua árabe durante o período otomano no século 17 em diante, os estudiosos da universidade começaram a fazer valer a sua interpretação da lei islâmica contra o que era então a fonte autorizada sobre o assunto, as escolas islâmicas de Istambul.
O alunos matriculados no al Azhar, muitas vezes numeravam mais de 1.000 em determinados anos. Esses alunos eram alojados em albergues residencias (riwaq) representando suas diferentes origens geográficas: norte-africana, egípcia, síria, e anatólia. Em comparação com as escolas religiosas otomanas tradicionais em Istambul, Rumelia, e na Anatólia em geral, as aulas e o ensino do al Azhar eram menos hierárquicas e de um sistema tutorial que prevalecia com alunos e professores individuais que estabeleciam o currículo a ser estudado.
Durante o século 18, al Azhar foi a instituição cultural premier da região com uma influência que se estendia muito além das fronteiras da província egípcia. Embora a tradição jurídica dominante ensinada na universidade fosse a da escola islâmica Shafii, que tinha sido favorecida durante o período mameluco (1260-1517), os professores da tradição Hanafi, a escola islâmica favorecida pelos otomanos, também estavam disponíveis para os alunos da Síria, já que a população de sua terra natal havia aderido a esta escola.
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